에코과학연구소는 자연환경의 이해와 생물다양성 보존및 보전을 위한 연구와 교육기능을 수행함과 동시에 외부위촉 연구사업수행과 자연사교육을 통하여 자연의 이해와 국민의 정서함양및 과학적 소양을 고취하여 문화국민으로서의 긍지를 갖게하고자 1997년에 ‘자연사연구소’라는 명칭으로 설립되었다.
설립 이래 충실히 연구, 교육 사업을 수행, 발전하였고, 앞으로 연구 사업을 자연환경에 대한 포괄적인 이해와 개발논리에 맞설 수 있는 생태 논리를 개발하는데 집중하기 위해 2006년에 에코과학연구소로 명칭을 개정하였다. 본 연구소는 환경, 생태 분야의 국내 최초 및 최고의 연계프로그램을 운영하고, 환경과학단과 생명과학분야를 통합하는 산· 학· 연 공동연구체계를 구축하는 교육 및 연구 사업단을 운영하며, 국제사회 환경, 생태 전략 전문가를 육성하는 것을 목표로 한다.
현재 본 연구소는 환경변화연구센터, 생물다양성연구센터, 의생학(擬生學)연구센터, 에코교육연구센터의 4연구센터로 구성되어 있으며, 본교 교수와 연구위원이 소속되어 각 분야의 이론 및 실험적 연구와 외부 연구 및 용역연구사업 등을 수행하고 있다. 또한 에코과학연구소와 자연사박물관 공동으로 국제 및 국내 학술회의 및 워크숍을 개최하고 연구논문집 발간과 특별전을 개최하여 학교 교육과 사회 교육에 이바지 하고 있다. 특히, 유치원생, 초등학생 및 일반인을 대상으로 자연사교실, 특강, 생태탐방, 전시실 교육, 디스커버리이벤트, 현장학습 등 다양한 교육프로그램을 개설하여 학생들과 일반인의 자연환경에 대한 이해와 관심을 크게 높이고 있다.